In molti casi gli Isa contengono informazioni incomplete o non corrette rendendo, di fatto, inattendibili i responsi finali in termini di punteggio. Queste difficoltà, di ordine prettamente tecnico, si vanno ad aggiungere alla mancanza di una circolare esplicativa sul nuovo strumento di compliance che ha sostituito, con decorrenza dal periodo d'imposta 2018, gli studi di settore. Dal punto di vista prettamente tecnico occorre osservare che se vi sono anomalie nei dati dell'Isa precompilato è altamente probabile che le stesse siano fonti di innesco dei cosiddetti indicatori di anomalia. Difficile capire a cosa siano dovuti tali anomalie ed errori contenuti nella parte precompilata dei nuovi Isa. È probabile che si tratti di disallineamenti fra i software utilizzati dai contribuenti e le banche dati dell'anagrafe tributaria.