Alcuni uffici dell'Agenzia delle Entrate continuano a proporre riliquidazioni dell'imposta di registro su atti di cessione di partecipazioni totalitarie, per chiedere l'assolvimento dell'imposta nella misura proporzionale prevista per gli atti di cessione d'azienda, invece che nella misura fissa prevista per gli atti di cessione di partecipazioni.
Per la giurisprudenza, però, tali riqualificazioni operate ai sensi dell'art. 20 del DPR 131/86 non sarebbero più autorizzate a fronte delle modifiche apportate dell'art. 1 co. 87 lett. a) della L. 205/2017 (legge di bilancio per il 2018). A conferma, la relazione illustrativa al Ddl. di bilancio 2018 ha precisato che "detta disposizione deve essere applicata per individuare la tassazione da riservare al singolo atto presentato per la registrazione, prescindendo da elementi interpretativi esterni all'atto stesso (ad esempio, i comportamenti assunti dalle parti), nonché dalle disposizioni contenute in altri negozi giuridici «collegati» con quello da registrare". Ai fini della corretta tassazione dell'atto, prosegue la relazione, non rilevano "gli interessi oggettivamente e concretamente perseguiti dalle parti nei casi in cui gli stessi potranno condurre ad una assimilazione di fattispecie contrattuali giuridicamente distinte (non potrà, ad esempio, essere assimilata ad una cessione di azienda la cessione totalitaria di quote)".