Per i beni già presenti in Italia e ceduti mediante l'introduzione nel deposito IVA (art. 50-bis co. 4 lett. c) del DL 331/93), l'imposta è dovuta dal soggetto che procede all'estrazione ed è versata in suo nome e per suo conto dal gestore del deposito, il quale è responsabile solidale per il tributo.
Il momento di estrazione dei beni dal deposito IVA coincide con l'esigibilità del tributo (ris. Agenzia delle Entrate n. 55/2017). Il versamento dell'IVA avviene mediante modello F24 ELIDE ed è preclusa la compensazione "orizzontale" dell'imposta ex art. 17 del D.lgs. 241/97. In caso di estrazione dal deposito con pagamento dell'IVA da parte del gestore, il soggetto che emette autofattura, in formato elettronico, è tenuto a trasmettere al Sistema di Interscambio un documento contraddistinto dal codice "TD23".
A livello dichiarativo, se l'imposta è stata versata dal gestore, i dati relativi all'acquisto effettuato (imponibile e IVA) sono riportati nel quadro VF, in corrispondenza dell'aliquota IVA applicabile ai beni ceduti (4%, 5%, 10% o 22%). Gli stessi dati non devono essere replicati nel rigo VJ2 (dedicati all'estrazione di beni dal deposito IVA), poiché, come precisato dalle istruzioni alla compilazione della dichiarazione IVA, sono ivi contenute le operazioni di estrazione dal deposito di cui all'art. 50-bis co. 6 del DL 331/93 "diverse da quelle per le quali l'imposta è versata dal gestore del deposito in nome e per conto del soggetto che procede all'estrazione".