Ai fini IRAP, un ente del Terzo settore che svolge sia l'attività istituzionale che un'attività commerciale secondaria considera commerciali le attività qualificate tali ai fini delle imposte sui redditi (ex art. 10 co. 5 del D.lgs. 446/97). Dal 2026, la commercialità andrebbe quindi definita sulla base dei criteri contenuti nel Codice del Terzo settore (ex artt. 79 e 104 co. 2 del D.lgs. 117/2017).
L'applicazione delle nuove regole potrebbe però far cambiare all'ente la qualifica fiscale (da commerciale a non commerciale), determinando potenzialmente una maggiore IRAP dovuta, dal momento che il costo del lavoro relativo all'attività istituzionale rimarrebbe per lo più indeducibile.
Per ovviare al problema, l'art. 82-bis che lo schema di D.lgs. della riforma fiscale prevede di inserire nel corpo del citato D.lgs. 117/2017 stabilisce che, anche nel nuovo regime, ai soli fini IRAP, gli enti del Terzo settore, diversi dalle imprese sociali, continuino a distinguere le attività commerciali da quelle non commerciali secondo la disciplina del TUIR, valida fino al 2025. In questo modo, l'impatto dell'IRAP su tali enti resterebbe invariato rispetto al passato.