Gli accertamenti induttivi possono essere utilizzati dal Fisco in presenza di determinate condizioni procedurali, più rigorose in ambito Iva e più libere ai fini delle imposte sui redditi. Uno degli sbocchi più naturali dei controlli del Fisco, anche se non necessitati, scaturenti dal punteggio insufficiente ottenuto dall'applicazione degli Isa, è rappresentato dagli accertamenti induttivi. Le maggiori garanzie sono fissate ai fini dell'applicazione dell'Iva, grazie alle enunciazioni della Corte di Giustizia. In linea di principio, la base imponibile dell'imposta è rappresentata dal corrispettivo pattuito per le cessioni di beni e le prestazioni di servizi. Questa regola si pone in contrasto, in linea teorica, con la possibilità di applicare il tributo su di una base imponibile solo presunta. La Corte di Giustizia ha però in più occasioni legittimato gli accertamenti induttivi, qualora questi siano rivolti al contrasto all'evasione fiscale.