A pena di decadenza dai benefici fiscali previsti, gli ETS non commerciali tengono un sistema di scritture contabili che si articola in scritture relative all'attività complessivamente svolta e scritture relative alle eventuali attività svolte con modalità commerciali, per le quali va tenuta una contabilità separata (art. 87 del D.lgs. 117/2017).
In relazione alle attività di interesse generale, diverse e di raccolta fondi svolte con modalità commerciali, gli ETS non commerciali devono tenere le scritture contabili previste dal regime di contabilità semplificata (art. 18 del DPR 600/73), "anche al di fuori dei limiti quantitativi previsti".
La previsione non sembra lasciare spazio a un sistema contabile differente per le attività commerciali dell'ETS;
tuttavia, tale lettura mal si coordina con gli obblighi di bilancio e potrebbe determinare un disallineamento tra criteri di tenuta della contabilità fiscale (per cassa) e di redazione del documento consultivo di fine esercizio (basato sulla competenza). Fatti salvi prossimi chiarimenti ufficiali, una lettura sistematica degli artt. 13 e 87 del D.lgs. 117/2017potrebbe portare ad ammettere la tenuta del regime contabile ordinario (eventualmente su opzione), così da disporre di una contabilità già allineata con la rendicontazione di sintesi di fine esercizio per la redazione del bilancio.